一層目より二層目の方が円が小さくそこから軒先がでていることに加えて、建物が円柱の形をしているので、角柱に比べて高い建築技術が求められる構造になっています。
屋根の上には中央と四隅で五基の相輪が乗っており、特に四隅の相輪(一輪250キロ)が屋根に圧し掛かるため難易度が高い屋根の建築技術が用いられています。
現存する瑜祇塔はRC(コンクリート)構成で作られていますが、今回の瑜祇塔は全て木造で作られており、木造建築の瑜祇塔としては日本の歴史の中でも2例目となる建築物です。